சரித்திர ஆய்வாளர்களின் கருத்துப்படி பண்டைய வரலாறு வரலாற்றுக் காலத்துக்கு முற்பட்ட ஆலயம் ஒன்று திரிகோண மலையில் கடற்கரையின் அடிவாரத்தில் இருந்ததாகவும், பின்னர் கடலில் ஏற்பட்ட சீற்றத்தின் காரணமாக அந்த ஆலயத்தின் ஒரு பகுதி கடலில் மூழ்கி விட்டதாகவும் அதில் ஒரு பகுதியே மலைக் குகை போன்று மலையின் அடிப்பகுதியில், யாராலும் போக முடியாத நிலையில் உள்ளதாகவும் கூறுகிறார்கள். அதுவே பல்லவர்கள் கட்டி இருந்த குகை ஆலயமாக இருந்திருக்க வேண்டும் என்றும் நம்புவதினால் தம்பலகமத்தில் மயில்வாஹனார் பார்த்ததாகக் கூறும் ஆலயம் பல்லவர்கள் காலத்தில் கட்டப்பட்டிருந்த சிவன் ஆலயமாக இருந்திருக்க வேண்டும். என்றும், அந்த ஆலயமே தற்போது மலையின் அடிவாரப் பகுதியில் எங்கோ குகைக்குள் உள்ளதாகவும் ஒரு நம்பிக்கை உள்ளது. ஆகவே அதுதான் கோணேஸ்வரரின் மூன்றாவதான ஆலயம் என்றும் ஒரு சிலர் கருத்து தெரிவிக்கிறார்கள்.
திருகோணேஸ்வரர் ஆலயம் போர்துகீசியரால் அழிக்கப்பட்ட பிறகு அங்கிருந்த சிலைகளை பக்தர்கள் ரகசியமாக சென்று ஒழித்து வைத்து பூஜைகளை செய்தவாறு இருந்தார்கள். அதன் சில காலம் பொறுத்து , அதாவது சுமார் நானூறு ஆண்டுகளுக்கு முன்னர் இருக்கலாம், கண்டியை ஆட்சி செய்து கொண்டு இருந்த ராஜசிங்கம் என்ற மன்னனின் கனவில் தோன்றிய கோணேஸ்வரர் தான் சுயம்புவாக எழுந்திருந்த சிலை ஒன்று கழனி மலையில் வழிபடப்பட்டு வருவதாகவும் அதை எடுத்து ஒரு ஆலயம் கட்டி வழிபடுமாறும் கட்டளை இட்டாராம். ஆகவே அந்த மன்னனும் கழனி மலைக்கு வந்து அங்கு ரகசியமாக வழிபடப்பட்டு வந்திருந்த அழிக்கப்பட்டு இருந்த கோணேஸ்வரர் ஆலய சிலைகளைக் கண்டு பிடித்து தம்பலகமத்தில் ஒரு ஆலயத்தை எழுப்பி அதில் அவற்றை பிரதிஷ்டை செய்து வழிபட்டாராம். அதுவே இன்றும் தம்பலகமத்தில் உள்ள இரண்டாவது கோணேஸ்வரர் ஆலயம் ஆகும்.
போர்த்துகீசியர் இலங்கைக்கு வந்து சுமார் ஐநூறுக்கும் மேற்பட்ட இந்து ஆலயங்களை இடித்திருந்தார்கள். அப்படி அவர்கள் இடிப்பதற்கு முன்னால் திருகோண மலைப் பகுதியில் மூன்று ஆலயங்கள் இருந்துள்ளன என்றும் அவற்றில் ஒன்று மாதுமை அம்பாள் எனப்படும் பார்வதி தேவியின் பிரும்மாண்டமான ஆலயம், அந்த ஆலயத்துக்கு கீழ்ப் பகுதியில் சிவனாரை தரிசிக்க அவ்வப்போது அங்கு வந்த விஷ்ணுவிற்காக ஏற்பட்டிருந்த ஸ்ரீ நாராயணர் ஆலயம், மற்றும் மாதுமை அம்பாள் எனப்படும் பார்வதி தேவியுடன் கோணேஸ்வரர் வீற்று இருந்த ஆலயம் (அழிக்கப்பட்ட திருகோணேஸ்வரர் ஆலயம்) என மூன்றும் இருந்துள்ளது. திருகோணேஸ்வரர் ஆலயத்தை சிதைத்த போர்துகீசியர்களினால் மற்ற இரண்டு ஆலயங்களையும் அழிக்க முடியவில்லை என்பதின் காரணம், அவை இருந்த இடங்களுக்கு அப்போது அவர்களால் எளிதில் செல்ல முடியவில்லை. மேலும், அவற்றைக் குறித்து அவர்கள் அதிகம் அறிந்திருக்கவும் இல்லை. மாதுமை அம்பாள் ஆலயத்தின் அருகில்தான் பாபநாச கிணறும் உள்ளதாம். அது என்றுமே வற்றாத கிணறாக இருந்துள்ளது என்கிறார்கள்.
1950 ஆம் ஆண்டில் அழிக்கப்பட்டிருந்த கோணேஸ்வரர் ஆலயத்தை மீண்டும் புனரமைக்க பக்தர்கள் ஏற்பாடு செய்தார்கள். அப்போது ஆலயத்தின் அருகில் இருந்த கிணறு ஒன்றை தோண்டிக் கொண்டு இருந்தபோது அங்கு புதைத்து வைக்கப்பட்டு இருந்த சந்திரசேகரர் என்ற பெயருடன் இருந்திருந்த சிவபெருமான், மாதுமை அம்மன் எனும் பெயரில் பார்வதி, விநாயகர் போன்ற கடவுட்களின் சிலைகள் கிடைத்தனவாம். அவை இன்றுள்ள கோணேஸ்வரர் ஆலயத்தில் பிரதிஷ்டை செய்யப்பட்டு உள்ளனவாம். அதற்கு முன்னர் 1944ம் ஆண்டு திருகோணமலைக் கோட்டையினுள்ளே நீர்த்தேக்கம் ஒன்று அமைப்பதற்கு முயற்ச்சிகள் மேற்கொண்ட போது விஷ்ணு மகாலட்ஷ்மி போன்ற கடவுட்களின் சிலைகளும் கிடைத்தனவாம். மீளும் சில சிலைகள் இன்னும் சில இடங்களில் கிடைத்தன. அவை அனைத்தையும் ஒன்று சேர்த்து, 1952 ஆம் ஆண்டு புதுப்பிக்கப்பட்ட திருகோணேஸ்வரர் ஆலயத்தில் பிரதிஷ்டை செய்யப்பட்டன. ஆனால் ஆலயப் பணிகள் அனைத்தும் 1963 ஆம் ஆண்டில்தான் முடிவடைய அந்த ஆலயத்தின் கும்பாபிஷேகமும் நல்ல முறையில் நடந்து முடிந்தன.
முந்தைய ஆலயத்துடன் ஒப்பிட்டுப் பார்த்தால் புதுப்பிக்கப்பட்டுள்ள ஆலயம் அதில் நான்கில் ஒரு பங்கு கூட இருக்காது என்கிறார்கள். தினமும் ஆறுகால பூஜைகள் நடைபெறுகின்றன. வருடாந்தர விழாக்கள் சுமார் 18 நாட்கள் நடைபெறுகின்றன. ஆலயத்தின் தல விருஷத்தை ஆல மரம் என்கிறார்கள். ஆலயத்தில் உள்ள இறைவன் பெயர் திருக்கோணேச்சரர், மற்றும் இறைவியின் பெயர் மாதுமை அம்பாள் ஆகும். ஆனால் துரதிஷ்டவசமாக ஆலயத்தில் குளக்கோட்டான் பிரதிஷ்டை செய்திருந்த சிவலிங்கம் இன்னமும் கண்டெடுக்கப்படவில்லை என்கிறார்கள்.
