போர்த்துகீசியர் கோணேஸ்வரர் ஆலயத்தை அழிப்பது என்ற முடிவை தெரிந்து கொண்டதும், திரிகோண மலையில் இருந்த கோணேஸ்வரர் பக்தர்கள் பெரும் கவலையில் ஆழ்ந்தார்கள். அந்த ஆலயத்தில் உள்ள செல்வங்களை அவர்கள் கொள்ளை அடித்துக் கொண்டு போனாலும் சரி தாம் வணங்கி வரும் கோணேஸ்வரர் விக்ரஹத்தை அவர்கள் எடுத்துச் சென்று விடக் கூடாது என்பதில் தீவீரமாக இருந்தார்கள். மாலையில் திருவிழா ஊர்வலத்தில் ஊர்வல மூர்த்திகளை பக்தர்கள் நகர் வலம் எடுத்துக் கொண்டு சென்று இருந்தபோது அந்த இருட்டை பயன்படுத்திக் கொண்டு ஆலயத்தின் உள்ளே புகுந்திருந்த போர்த்துகீசியர் தமது படையினருடன் ஆலயத்தில் சுவர்களை உடைத்தார்கள். கண்களில் பட்டதையெல்லாம் உடைத்தார்கள். அப்போது அந்த ஆலயத்தில் ஏழு அல்லது எட்டு திரி விளக்குகள் மட்டுமே ஆலயத்துக்கு ஒளியை தந்து கொண்டு இருந்தது. அந்த காலங்களில் அத்தனை மின்வசதி கிடையாது. ஆலயத்தில் நுழைந்த போர்த்துகீசியர் தூண்கள் பிற வாயில்கள் என அனைத்தையும் உடைக்கத் துவங்கி அதன் பின் அவர்கள் அங்கிருந்த பெட்டிகளில் இருந்த விலை உயர்ந்த சீலைகள், தங்க வெள்ளியிலான தோரணங்கள் மற்றும், தங்க வெள்ளியிலான நகை நட்டுக்களை எடுத்து தனிப் பெட்டிகளில் வைத்துக் கொள்ளத் துவங்கினார்கள்.
அந்த நேரத்தை நன்கு பயன்படுத்திக் கொண்ட சிவனடியார்கள் அந்த கலவரத்தில் உடைக்கப்பட்டு இருந்த பின்புற மதில் சுவர் வழியே உள்ளே புகுந்தார்கள். நேராக கர்பக் கிரகத்துக்குச் சென்று அங்கிருந்த மூர்த்தியை அடியோடு பெயர்த்துக் கொண்டு பின் வாயில் வழியே வெளியேறி தம்பலகமத்தை நோக்கி ஓடினார்கள். நல்லவேளையாக போர்த்துகீசியர் இருட்டான நேரத்தில் ஆலயத்துக்குள் வந்திருந்ததினால் சிவ பக்தர்களினால் விக்ரகங்களை எடுத்துக் கொண்டு ஓடுவது எளிதாக இருந்தது. மேலும் அவர்களுக்கு அனைத்துப் பாதையும் அத்துப்படி என்பதினால் அவற்றை எடுத்துக் கொண்டு இருண்ட கானகம் வழியே ஓடினார்கள்.
இப்படியாக ஒரு பிரிவினர் வீரத்துடன் தமது உயிரையும் லட்சியம் செய்யாமல் ஆலய விக்கிரகங்களை பாதுகாப்பாக எடுத்துச் செல்வதைக் கண்ட மேலும் சிலர் இன்னும் சில விக்ரகங்களை ஆலயத்துக்குள் இருந்து எடுத்துக் கொண்டு இன்னொரு பாதையில் ஓடினார்கள். இரண்டு பிரிவுகளாக பிரிந்து ஆலய விக்ரகங்களை பாதுகாப்பதில் ஈடுபட்டிருந்த சிவபக்தர்களுடைய குறிகோள் ஒன்றுதான். உயிரைக் கொடுத்தாவது அத்தனை பழைமையான தாம் அதுகாலம் வரை வழிபாட்டு வந்திருந்த விக்ரகங்களை போர்த்துகீசியர் கைகளில் சிக்க விடக் கூடாது என்பதே ஆகும். முதலில் கோணேஸ்வரர் மூர்த்தியை எடுத்துக் கொண்டு தம்பலகமத்தின் மேற்குப் பகுதியை நோக்கி ஓடியவர்கள் அங்கிருந்த உயரமான மலைப் பிரதேசத்தில் ஒரு இடத்தில் அதை கொண்டு போய் மறைத்து வைத்து அங்கேயே அதை வழிபடலானார்கள். அதுவே முதல் திருகோணேஸ்வரர் ஆலயத்தில் இருந்து வளர்ந்த இரண்டாவது திருகோணேஸ்வரர் ஆலயமாக பின்னர் உருவெடுத்தது.
அதே சமயத்தில் ஆலயத்தில் இருந்து போர்த்துகீசியர் கைகளில் சிக்காமல் பாதுகாப்பாக எடுத்து வந்து விட்ட விக்ரகங்களை எடுத்துச் சென்ற இரண்டாவது பிரிவினர் அவற்றை எங்கு பாதுகாப்பாக வைப்பது எனப் புரியாமல் திண்டாடிக் கொண்டு தாம் கொண்டு சென்ற கடவுட் சிலைகளை அங்காங்கே இருந்த கிணறுகளில் போட்டு மறைத்தும், பூமியில் புதைத்து வைத்து விட்டும் ஓடினார்கள். அந்த சிலைகளே மீண்டும் பல காலம் பொறுத்து மீண்டும் புதுப்பிக்கப்பட்ட முதல் திருகோணேஸ்வரர் ஆலயத்தில் இன்றும் உள்ளவை ஆகும். கிணற்றிலும், பூமிக்கு அடியிலும் புதைத்து வைக்கப்பட்டு இருந்த சிலைகளை அங்கிருந்த இடிபாடுகளை அகற்றி ஆலய நிர்மாணப் பணியினை பல காலம் பொறுத்து மேற் கொண்ட பக்தர்கள் கண்டு பிடித்தார்கள். அன்றைக்கு சிவபக்தர்கள் இடிக்கப்பட்ட ஆலயத்தில் இருந்து சிலைகளை எடுத்துச் சென்று இருக்காவிடில் புராதான சரித்திர புகழ்ப் பெற்ற அந்த சிலைகள் அனைத்தையும் போர்த்துகீசியர் சிதைத்து அழித்திருப்பார்கள். அதே நேரத்தில் திருவிழா ஊர்வலம் சென்றிருந்த பக்தர்களுக்கும் ஆலயம் அழிக்கப்பட்ட செய்தி கிடைத்ததும், அவர்களும் அவர்கள் கொண்டு சென்றிருந்த சிலைகளை திரும்ப ஆலயத்தில் கொண்டு வராமல் ஆலயத்துக்கு அருகிலேயே மறைத்து வைத்தார்கள் .
போர்த்துக்கேயர் கி.பி. 1624 ஆம் ஆண்டு கோணேசர் ஆலயத்தை அழிக்கும் முன் அந்த ஆலயத்தைக் குறித்த அனைத்து தகவல்களையும் எடுத்துள்ளனர். போர்த்துக்கேய தளபதியான கொன்ஸ்ரன்ரைன் டீசா என்பவனே ஆலயத்தை அழித்தவன். ஆலயம் அழிக்கப்படும் முன்னர் அவர்கள் எடுத்திருந்த வரைபடங்கள், குறிப்புகள், கட்டிடப் படங்கள் ஆகியன கோணேசர் ஆலயத்தைப் பற்றிய செய்தியை விவரமாக அறிந்து கொள்ள பெரிதும் உதவுகின்றன. அவனது குறிப்புகளில் அழிக்கப்பட்ட அந்த ஆலயத்தின் பரப்பளவும் கூறப்பட்டு இருந்தன . அவன் எழுதி வைத்திருந்த குறிப்பின்படி அந்த காலத்தில் தற்போது ஆலயம் இருக்கும் பகுதி முழுவதுமே அங்கிருந்த ஆலயத்தின் பகுதியாகவே காணப்பட்டுள்ளது என்பதைப் போர்த்துக்கேயரின் பதிவேடுகளிலிருந்து அறிந்து கொள்ள முடிந்தது .
ஆலயத்தை இடித்த போர்த்துகீசியர்கள், அதன் கற்களைக் கொண்டே அங்கு தாம் பாதுகாப்பாகத் தங்க ஒரு அரணையும் அமைத்துக் கொண்டார்கள். கொன்ஸ்ரன்ரைன் டீசா கோயில்களை இடிக்குமுன் அனைத்தையும் தரைப் படமாக வரைவித்துள்ளான். இந்தப் படங்களில் ஒன்று போர்த்துக்கலிலுள்ள கலைக்கூடத்தில் உள்ளதாகக் கூறுகிறார்கள் கோயில் கற்களைக் கொண்டு கோட்டையைக் கட்டும்பொழுது பழைய கல்வெட்டு ஒன்றும் அதன் மகிமைத் தெரியாமலேயே கோட்டை வாசலில் வைத்துக் கட்டப்பட்டு விட்டது. அந்தக் கல்வெட்டில் கோணேசர் ஆலயம் அன்னியர்களினால் சிதைக்கப்படும் என்றும், அதன் பின் அதைக் கட்டி முடிக்க தமிழ் மன்னர்கள் அங்கு ஆட்சியில் இருக்க மாட்டார்கள் என்றும் ஒரு வாசகம் காணப்படுகிறது.
குளக்கோட்ட மன்னனின் மறைவுக்குப் பிறகு திருமலை ராஜ்யத்தை ஆண்டு வந்த வன்னிய மன்னன் ஒருவருடைய அரச சபையில் இருந்த அரச பண்டிதர் ஒருவர் இந்த ஆலயத்தின் வருங்காலம் குறித்து மன்னன் வினவிய கேள்விக்கு பதிலாக கோணேசர் ஆலயம் போர்துகீசியர்களினால் அழிக்கப்படும் என்றும், அதை மீண்டும் கட்டி முடிக்க தமிழ் மன்னர்கள் அங்கு ஆட்சியில் இருக்க மாட்டார்கள் என்றும் கூறப்பட்ட அந்த செய்தியையே ஆலயத்தின் ஒரு தூணில் இருந்தக் கல்லில் செதுக்கி இருந்தார்கள் என்றும், அதுவே வரும் காலத்தைக் குறித்து பல நூற்றாண்டுகளுக்கு முன்னர் கூறப்பட்டு இருந்த தீர்கதரிசனமான ஒரு செய்தியாகும் என்றும் ஆலய மகிமையைக் கூறி வியப்பு தெரிவிக்கிறார்கள்.
போர்த்துகீசியர் ஆலயத்தை இடித்தப் பின் சில காலம் பொறுத்து, அதாவது கி.பி. 1639 ஆம் ஆண்டுவாக்கில் டச்சுக்காரர்கள் இலங்கை மீது படையெடுத்து வந்து இலங்கையைக் கைப்பற்றி திருகோணமலையையும் கைப்பற்றினார்கள். அவர்கள் போர்துகீசியரினால் இடிக்கப்பட்டிருந்த கோணேசர் ஆலயத்தில் மீதி இடிபடாமல் இருந்த தூண்களை இடித்துத் தங்களுடைய கோட்டையைக் கட்டி அங்கிருந்த பல பகுதிகளுக்கும் டச்சுப் பெயர்களையும் சூட்டினார்கள். அவர்களும் இந்து மதத்துக்கு எதிரானவர்களாக இருந்ததினால் அங்கு இருந்த ஆலயங்கள் எதற்குமே செல்வதற்கும், வணங்குவதற்கும் தடை விதிக்கப்பட்டிருந்தது என்பதினால் கோணேசர் பக்தர்கள் வேறு வழி இன்றி ரகசியமாக அங்கிருந்த ஆலயப் பகுதிக்கு சென்று வணங்கி வந்தார்கள்.
இன்னமும் சில காலம் கழிந்ததும், கி.பி. 1795 ஆம் ஆண்டு அங்கு படையெடுத்து வந்த ஆங்கிலேயர் வசம் திருகோணமலை கோட்டை வீழ்ந்தது. ஒருவிதத்தில் அது பக்தர்களுக்கு நன்மையாகவே அமைந்து இருந்தது. ஆங்கிலேயர் ஆட்சி காலத்தில் இடிக்கப்பட்டிருந்த அந்த ஆலயத்துக்கு சென்று வணங்குவது தடை செய்யப்படவில்லை. மக்கள் இடிபட்டு இருந்த அந்த ஆலயத்துக்கு சென்று தரிசிப்பதை ஆங்கிலேயர் தடுக்காது மக்கள் மன உணர்வுகளுக்கு மதிப்புக் கொடுத்துள்ளார்கள். கி.பி. 1803 ஆம் ஆண்டு கோயில் இருந்ததாகக் கருதப்படும் சுவாமி மலையில் இந்துக்கள் வழிபாடு செய்ய அனுமதிக்கப்பட்டனர்.
இவ்வாறான சூழ்நிலையில் உலகப் போர் மூண்டது உலகம் முழுவதும் பல நாடுகள் சுதந்திரம் அடைந்தன. ஆங்காங்கே ஆட்சி செலுத்தி வந்து கொண்டு இருந்த ஆங்கிலேய அரசாங்கம் தமது ஆட்சியை விளக்கிக் கொண்டு தத்தம் நாட்டிற்கு சென்றார்கள். இதன் பின்னணியில் 1948 ஆம் ஆண்டு இலங்கையும் சுதந்திரம் பெற்றது. போர்த்துகீசியர் ஆலயத்தை அழித்தபோது சிவபக்தர்கள் ஆலயத்தில் இருந்த விக்கிரகங்களை நாலாபக்கமும் எடுத்துச் சென்று புதைந்திருந்தார்கள் என்று முன்னர் கூறினேன் அல்லவா. அப்படி புதைக்கப்பட்டு இருந்த பிள்ளையார், சிவன், பார்வதி, விஷ்ணு மற்றும் வேறு கடவுட்களின் சிலைகளை பூமியிலிருந்து கிணறு வெட்டும் பொழுது கண்டெடுத்தார்கள். பக்தர்கள் ஒன்றிணைந்து மீண்டும் இடிபட்டு அழிக்கப்பட்டு இருந்த அதே ஆலய பகுதியில் கோணேசர் ஆலயத்தை மீண்டும் புனரமைத்து 1963 ஆம் ஆண்டு கும்பாபிஷேகமும் நடத்தினார்கள்.