முன்னொரு  காலத்தில்  சிவலோகத்தில் சிவனும் பார்வதியும் அமர்ந்து கொண்டு முக்கியமான விஷயத்தைப் பற்றி பேசிக் கொண்டு இருந்தார்கள். அப்போது  நந்தவனத்தில் மயில்கள் தோகை விரித்தாடியபடி வந்து அமர அதன் அழகில் மயங்கிய பார்வதி அந்த மயில்களையே பார்த்து இரசித்துக் கொண்டு இருந்தவாறு சிவபெருமான் கூறியவற்றை காது கொடுத்துக் கேட்காமல்; இருந்ததைக் கவனித்து விட்ட சிவபெருமான் கோபமடைந்தார். அவளை புமியில் சென்று மயிலாகப் பிறக்கக் கடவது என சபித்து விட பார்வதி மயிலாகப் பிறக்க வேண்டி இருந்ததாம். பார்வதி வருத்தம் அடைந்து அவரிடம் மன்னிப்புக் கேட்க அவர் அவளை தொண்டை மண்டலத்துக்கு சென்று மயிலாக தவமிருந்து தன்னை பூஜித்தால் சாப விமோசனம் கிடைக்கும் எனக் கூறினார். ஆகவே பார்வதி மயிலாகப் பிறந்து  இப்போது ஆலயம் உள்ள  இடத்திற்கு வந்து ஒரு கற்பக  மரத்தடியில் அமர்ந்து கொண்டு சிவபெருமானை துதித்து தவம் இருந்து பூஜை செய்தாளாம். அவள் தவத்தை மெச்சிய சிவபெருமான் அவளுக்குக் காட்சி தந்து அவளுக்கு மீண்டும் கற்பகாம்பாள் என்ற பெயரில் பார்வதியாகப் பிறவி தந்து மணம் புரிந்து கொண்டாராம். பார்வதி தேவி மயிலாகப் பிறந்து பூஜித்த இடம் என்பதினால் அந்த இடத்தின் பெயர்  மயில் பூஜித்த  இடம் என்று ஆகி பின்னர்  மயிலாப்பூராக மருவியது.

ஆலயம் பற்றிய இன்னொரு வரலாறு இது.  ஒரு காலத்தில் பிரளய யுகம் வந்தது. அனைத்தும் அழிந்து விட்ட நிலையில் சிவனும் அவர் கையில் கபாலமும் மட்டுமே மிஞ்சி இருக்க, சிவபெருமான் அந்த கபாலத்தில் இருந்து புதிய யுகத்தைப் படைக்க அவர் பெயர் கபால ஈஸ்வரர் அதாவது கபாலீஸ்வரர் என ஆயிற்று. அதன் பின் ஒரு முறை பிரும்மாவுக்கும் சிவபெருமானுக்கும்  படைப்பைப் பற்றிய சர்ச்சை ஏற்பட பிரும்மாவின் நான்காம் தலையை சிவன் கிள்ளி எறிந்து அவரிடம் இருந்து படைப்பைப் பிடுங்கிக் கொண்டாராம். அவர் உடனே பிரும்மா சிவபெருமானிடம் மன்னிப்புக் கேட்க சிவனும் தான் கபால ஈஸ்வரர் அவதாரத்தில் உள்ளபோது அந்த இடத்துக்கு வந்து தன்னை துதித்து சாப விமோசனம் பெறுமாறும் கூறினார். பிரும்மாவும் அதன்படி அங்கு வந்து (இப்போது ஆலயம் உள்ள  இடம்) சிவபெருமானைத் துதித்து சாப விமோசனம் பெற்று படைக்கும் சக்தியை மீண்டும் பெற்றாராம்.

மயிலை என்ற அந்த இடத்தில் பார்வதியினாலும் பிரும்மாவினாலும் சிவபெருமான் பூஜிக்கப்பட்டதினால் சிவபெருமானுக்கு கபாலீஸ்வரர் என்ற பெயரில் ஆலயம் பல்லவ மன்னர்கள் ஆட்சி காலத்தில் அமைந்தாக கூறப்படுவது  சரி அல்ல.  அது எந்த காலத்தில் அமைந்தது என்பது பற்றிய குறிப்பு பற்றி சர்சையாகவே உள்ளது என வல்லுனர்கள் கூறுகிறார்கள். அது கட்டப்பட்ட காலம் 300 ஆண்டுகளுக்கு முற்பட்டது, 700 ஆண்டுகளுக்கு முற்பட்டது எனவும்,  அது 1000 ஆண்டுகளுக்கு முற்பட்டது எனவும் பல கருத்துக்கள் உள்ளன.